Las características generales del ámbito natural de esta comarca son compartidas con otras zonas del resto de la Isla. Por ejemplo, su vegetación se ajusta a la disposición ya comentada de los pisos altitudinales, con una zona baja de vegetación halófila y cardonal-tabaibal, seguida del piso termófilo y de una pequeña representación de moteverde, sólo en los altos de Telde. A continuación, el pinar es el máximo protagonista hasta que llegamos a la cumbre, en la que desaparecen en favor de algunas muestras de matorral de sustitución.

A pesar de que la comarca posee una elevada cantidad de población que continúa creciendo, existen una serie de lugares que, por sus valiosas características, están protegidos por ley e integrados en la Red Canaria de Espacios Naturales Protegidos.

Entre ellos podemos encontrar la Reserva Natural Especial de Los Marteles, paisaje montano de gran belleza, que está formando parte de varios municipios, entre ellos, los cuatro integrantes de esta Comarca Este en sus zonas más elevadas. Está limitado en su parte sur por grandes escarpes, destacando elementos geomorfológicos como la caldera que da nombre a esta reserva, así como por una amplia variedad de hábitats.

Los Espacios Naturales Protegidos que más predominan en la Comarca Este, son los Monumentos Naturales. El Barranco del Draguillo, situado entre los municipios de Telde e Ingenio, está dentro de esta categoría de protección. Constituye un bello paisaje de escarpadas paredes donde se mezclan valores naturales y culturales, además de gran variedad de flora endémica canaria y macaronésica.

El Monumento Natural del Roque de Aguayro, que está entre Agüimes y Santa Lucía, constituye un elemento paisajístico muy destacado, de notoria singularidad e interés científico, dominando y caracterizando a esta zona de la Isla con 540 m de altura. Incluye en su espacio el conocido barranco de Balos o de Los Letreros, que tiene los grabados aborígenes más interesantes de Gran Canaria, de ahí su nombre.

El Monumento Natural de Arinaga constituye un elemento de interés geomorfológico e hito referencial en el paisaje de la costa sureste de la Isla, dentro del municipio de Agüimes. Destaca por una interesante comunidad vegetal psamófila-halófila, y por el  lagarto atlántico (Gallotia atlantica delibesi), endémico de Lanzarote y Fuerteventura, existiendo una pequeña población en este único lugar del resto del Archipiélago.

Agüimes e Ingenio están administrativamente separados por el límite natural que forma el Monumento Natural de Barranco de Guayadeque, uno de los más relevantes de la Isla. Es muy abrupto, de gran belleza y largo recorrido, que ha sido fuertemente desgastado por importantes procesos erosivos a lo largo de su historia geológica. Constituyó en el pasado el hábitat de aborígenes canarios, y destacan en su interior algunos endemismos florísticos como la escobilla parásita (Kunkeliella canariensis) o la giralda (kickxia pendula), así como una importante comunidad de aves que se cobijan en sus paredes.

Santa Lucía tiene una pequeña parte de su territorio formando parte del Monumento Natural de los Riscos de Tirajana, espacio de destacado interés geológico y geomorfológico, en cuya formación han intervenido importantes procesos de desmantelamiento erosivo. Posee numerosos endemismos, algunos amenazados y protegidos. Dentro de las especies florísticas, sobresalen las rupícolas Bencomia brachystachya y Globularia sarcophylla, y dentro de las faunísticas, el halcón (Falco sp.), que ha llegado a nidificar en los escarpes.

El Monumento Natural de Bandama está compuesto por la caldera y el pico del mismo nombre, que constituyen dos unidades naturales de gran singularidad e interés científico. Es el mayor de los volcanes recientes de Gran Canaria con 574 m de altura, y la caldera también es de las mayores en su género, con 1.000 m de diámetro, y aproximadamente 170 m de profundidad. La mayor parte de este espacio está dentro de la comarca de Las Palmas-cuenca de Guiniguada, y sólo hay un pequeño sector en la Comarca Este, en el municipio de Telde.

Otra categoría de protección son los Paisajes Protegidos, y en esta comarca hay tres diferentes. Encontramos el Paisaje Protegido de Lomo Magullo, que es una pequeña superficie entre Telde, en la Comarca Este, y Valsequillo, en la Comarca Central. Se trata de un espacio muy peculiar de coladas basálticas recientes y conos de piroclastos cuaternarios, con un marcado carácter rural donde se alternan usos agrícolas y residenciales.
El Paisaje Protegido de Montaña de Agüimes, constituye un elemento referencial del Este grancanario. Es una estructura volcánica desgastada por los procesos erosivos a lo largo de su historia geológica, cuya vegetación está representada por tabaibas (Euphorbia balsamifera), balos (Plocama pendula) y vinagreras (Rumex lunaria).

El último de los Paisajes Protegidos es el de Tafira, con la mayor parte de su territorio en la comarca de Las Palmas, pero con una parte en la Este, dentro de Telde. Es un paisaje rural de interés cultural en el que se alternan viviendas y áreas de cultivo tradicional, donde destaca la alineación de conos volcánicos de Tafira-Bandama-Jinámar, y la abundancia de palmeras (Phoenix canariensis), dragos (Dracaena draco) y almácigos (Pistacia atlantica), entre otras especies.

Los Sitios de Interés Científico de la Comarca Este están representados por el Roque de Gando, Jinámar y Tufia. El Roque de Gando es un pequeño representante de todos los roques marinos que rodean la Isla, situado frente a la península del mismo nombre y testigo del retroceso que ha sufrido la línea de costa por la acción erosiva del oleaje. Su vegetación es pobre, pero tiene interesantes representantes de insectos y reptiles.

Jinámar tiene sólo una pequeña porción de terreno en esta comarca. Es una zona litoral que constituye la única localidad conocida de un endemismo muy amenazado, la hierbamuda (Lotus kunkelii). Esta planta, también conocida como ‘cuernecillo de costa’ o ‘mataparda’,es propia de arenales costeros, dunas más o menos consolidadas, sustratos de escorias y cenizas volcánicas. También hay otras especies típicas de estos ambientes como los balancones (Traganum moquinii) o la uvilla de mar (Zygophyllum fontanesii).

Por último, el Sitio de Interés Científico de Tufia es una llanura aluvial cuaternaria que cuenta con una vegetación típicamente halófila-psamófila, que destaca por la presencia de dos endemismos amenazados que están protegidos: el chaparro (Convolvulus caput-medusae) y la piña de mar (Atractylis preauxiana). Este lugar también es conocido por el carácter fósil de sus dunas, donde abundan restos fósiles de especies ya extinguidas; y su importancia arqueológica, ya que alberga los restos de un poblado aborigen de viviendas-habitación.