El clima de la comarca viene caracterizado por su doble vertiente, una húmeda expuesta a los vientos alisios, y otra seca, donde la influencia de los vientos dominantes es mucho menor. Es principalmente el macizo de Anaga el que determina el clima de la zona.

Un primer piso climático que podemos diferenciar, y que es común en toda la comarca, es el de costa. Entre el nivel del mar y la franja de los 200-300 m de altitud, las precipitaciones son inferiores siempre a los 300 l/m². La media anuales de las temperaturas oscila en torno a los 20 ºC.

Por encima de los 300 m,  se encuentra la Vega Lagunera, Los Rodeos, la zona de La Esperanza y el Valle de Tegueste, con características similares, aunque los dos primeros sectores con valores de humedad ligeramente más altos. Se trata de un clima más fresco que el que se da en la ciudad de Santa Cruz, y en todo su litoral hasta el municipio de El Rosario. La media de precipitación alcanza los 600 l/m², y los valores térmicos oscilan entre los 10ºC y los 27ºC. Estas temperaturas pueden cambiar de un año a otro por invasiones de aire polar marítimo en invierno, o aire cálido sahariano en verano.

El abastecimiento de agua en la Comarca ha sido una de las preocupaciones históricas, no tanto para el desarrollo de la agricultura, sino por el enorme problema que supone abastecer a tal cantidad de habitantes. Ante la escasez de recursos hídricos y la demanda de la población, el principal abastecimiento de agua se realizaba a través de los canales de las comarca aledañas, principalmente del Valle de Güímar. Ante este problema, la construcción de depósitos de aguas por toda la geografía comarcal ha sido la nota predominante. En este sentido destacan las Balsas de Valle Molina y El Boquerón, en la zona oeste. Existe también una serie de pozos que se han abierto en toda la zona de la llanura sedimentaria de los Rodeos y la Vega Lagunera. A mayor escala destacan la presas, principalmente la de Tahodio, en el municipio capitalino, y la de Los Campitos, la cual nunca se ha puesto en marcha ante la falta de impermeabilidad de su sustrato. Cabe destacar también que la capital cuenta con una estación desaladora que tiene una capacidad final de 40.000 m3 al día.