La botánica criptogámica se encarga de estudiar las especies vegetales poco evolucionadas que no tienen flores, las criptógamas. En ese grupo se incluyen las algas, los briofitos (musgos y hepáticas), los líquenes y los helechos. Además, también se incluyen en este grupo a los hongos, aunque son organismos sin clorofila y pertenecen a un reino independiente y exclusivo de ellos. Estas especies son muy frecuentes en la isla de Tenerife, aunque son poco conocidas debido a su tamaño y a su poca vistosidad, si las comparamos con las fanerógamas (plantas con flores).

Las algas que viven en las costas de Tenerife reciben la influencia del Atlántico Norte, del Mar Mediterráneo y, a través de la Corriente del Golfo, del Mar del Caribe. Son frecuentes las algas verdes, rojas y pardas, que en general se denominan popularmente como ‘mujos’. Sólo algunas especies abundan en gran cantidad y caracterizan distintas zonas del litoral insular.

Los briofitos son los denominados vulgarmente ‘musgos’. Se pueden encontrar por toda la Isla, aunque son especialmente abundantes en los bosques más húmedos, en los que tapizan el suelo. Las hepáticas, conocidas también como ‘musgos’, presentan una forma diferente y también tienen una amplia distribución. En Tenerife existen unas 399 especies de musgos, de las que 9 son endémicas, y habitan en los lugares más húmedos, debido a que necesitan del agua para su reproducción. Se encuentran en toda la Isla, aunque son especialmente abundantes en los bosques húmedos, como la laurisilva.

Los hongos conforman el grupo más numeroso, tanto en el Archipiélago como en la isla de Tenerife, en la que se pueden encontrar 1.894 especies diferentes. Presentan formas muy diversas, aunque generalmente los más conocidos son los basidiomicetos, que presentan una forma típica de ‘seta’ con sombrerito. Entre éstos se hallan muchas especies comestibles, como los rovellones o nízcalos, el boletus, de los que existen 6 especies en la Isla, y otras que al comerlas causan trastornos digestivos más o menos graves, como las amanitas, de las cuales hay 9 especies. Sobre algunos árboles de monteverde se pueden encontrar los hongos llamados popularmente ‘pata de caballo’ debido a su apariencia.

Una especie de gran interés, con una apariencia muy extraña, es la conocida como ‘madre del loro’. Es fácil verla en el conocido Llano de los Viejos o en el Monte de Las Mercedes de Tenerife, aunque esta especie también se puede encontrar en muchos otros lugares ocupados por árboles de laurel.

El grupo de los helechos lo forman especies vasculares más evolucionadas que las anteriores y suelen incluirse con las plantas superiores o espermatofitas. En Tenerife hay 51 especies, siendo la mayoría de ellas de amplia distribución, entre las que aparece una sola especie endémica, Dryopteris oligodonta. Entre ellas hay especies bien conocidas como los culantrillos, que se pueden encontrar de forma frecuente cerca de las zonas de reserva de agua, e incluso en los verdegales, el culantrillo negro (Asplenium onopteris o A. adantum-nigum), la hierba candil (Asplenium hemionitis), la cochinilla (Davalia canariensis) y el helecho de cristal (Trichomanes speciosum). Viven en lugares muy diversos y se pueden localizar en grietas y fisuras de las zonas más altas, en los montes de laurisilva y fayal-brezal, siempre en los lugares húmedos, puesto que para su reproducción necesitan agua.