Hace miles de años, los barrancos que formaban toda la cuenca de aportes a la Charca proporcionaban abundante agua. Esto generó, con el tiempo, una llanura aluvial (superficie de terreno llana formada por depósitos provenientes de un río).

Posteriormente se produjo una glaciación que bajó el nivel del mar. Los distintos descensos provocaron el encajonamiento del cauce y la formación de distintas terrazas fluviales a diferentes niveles. En este momento, los sedimentos arrastrados por el encajonamiento producen un nivel inferior, formando un delta hoy cubierto por el mar.

Posteriores procesos fundieron el hielo y provocaron que ascendiera el nivel del mar. Muestras de ello son las paleobarras (cantos rodados acumulados en líneas), reflejo del nivel del mar de aquella época, que hoy son visibles en algunas hoyetas interdunares. En esta situación de plataforma deltaica, se fue produciendo el aporte de arena con vientos del este, que han generado el sistema actual de dunas.

Las dunas están constituidas por granitos de material triturado procedente de organismos marinos. Las corrientes marinas lo arrojan a la orilla y, desde aquí, el viento las acumula detrás de los balancones (Traganum moquinii). De este modo se crea un pequeño montículo de arena que va creciendo a medida que se sucede el aporte de material. Se forma una primera duna, que se separará del balancón cuando la altura de la misma supere la planta.

Un hecho importante es que las dunas, en su movimiento, van tapando la vegetación que encuentran en su camino e impiden así su desarrollo. De ahí que en los campos dunares móviles no exista prácticamente vegetación, a excepción de algunas especies como el tarajal (Tamarix canariensis), que suele superar la altura máxima de la duna y no es enterrada.